1.制种去雄不及时。有的亲本自交系雄穗在苞叶内就开花散粉，未做到及时去雄，导致自交。

　　2.生物学混杂。隔离区条件和去杂去劣未达到国家要求的标准，异品种传粉造成生物学混杂。

　　3.种子收获、脱粒、贮存时把关不严，未严格按质量标准剔除杂穗;脱粒机、精选机等清理不彻底，造成机械混杂。玉米制种的每一个重要环节都会导致种子发芽率降低。制种田亲本贪青晚熟，灌浆不饱满，含水量高。种子在乳熟期遭遇低温、冷害、霜冻，被迫收割，果穗收获以后在晒场上遭遇冻害，均可降低种子发芽力。种子入库后存放在阴暗、潮湿等封闭不良的库房内等。这些因素均可导致种子发芽率降低。