一是高效营养促生类生物肥料产品的研制与产业化，研制开发具有高效、抗逆、安全的固氮、溶磷、解钾等营养促生类生物肥料，优化生产工艺，缩短培养时间，提高单位产品的菌含量和功能活性，加快其产业化开发。

　　二是土壤功能修复及连作障碍克服类生物肥料产品的研制和产业化，筛选高效快速降解农田有机污染物、土壤修复、克服作物连作障碍和秸秆快速腐解的优良菌株，研究和应用保护剂、膜技术材料和工艺，研制高效、抗逆、保质期长、安全的土壤功能修复及连作障碍产品，建立生产基地，开展相关技术中试与产业化示范。

　　三是新型复合、专用生物肥料的研制和产业化，研制和开发新型有机-无机-生物复合肥料，完善生产工艺，优化肥料配方，提高生产效益和使用效果。建立专用有机-无机-生物复合肥料生产基地，开展相关技术中试与产业化示范。形成粮食作物、经济作物新型专用微生物肥料、新型复合微生物肥料和生物有机肥，产品质量达到国际水平。

　　近几年的土壤（农业）微生物研究进展，突出表现在农用微生物资源、重要农用微生物功能基因组研究和微生物修复三个方面。农业微生物各类种资源建设已跃上一个新台阶，目前我国收集、保藏、鉴定的菌种库藏资源达15000余株以上，位列世界第3，并对资源开展了功能基因发现、新代谢物发掘等研究，为农业微生物产业化提供了菌种保证；重要农用微生物功能基因组研究已揭开序幕，其作用机理研究不断深入；土壤微生物修复取得了显着进展，我国研究工作者近几年在农药和重金属污染方面开展了大量的研究工作，针对不同障碍发生类型提出了土壤微生物调控措施和消减对策。