有机肥包括堆、沤肥、人畜鸟粪尿和饼肥，其特点是养分齐全，肥效稳长，但需深施后经微生物活动进行分解，才能供植物利用，属于缓效肥。施用有机肥有两大作用，一是供给棉花所需要的养分，二是培肥和改良土壤。有机肥主要作基肥，施用的深度以距地表15~20厘米为宜，以保证肥料埋在棉根集中分布的湿土中，施用量以肥源而定，饼肥50公斤/亩，一般厩肥2500~3000公斤/亩，各地经验，一般生产条件下，按肥料中可以利用的氮素计算，大约有机肥占20~30%，化肥占70~80%。