(1)种子发芽率低 无籽西瓜种子的种皮较厚，种胚发育不健全，发芽较为困难，发芽率低，一般芽率只有百分之80左右。

　　(2)种子成苗率低 无籽西瓜幼苗生长势弱，成苗缓慢，更易受到不良环境条件影响，因此成苗较普通二倍体西瓜苗困难，成苗率低。

　　(3)自花不结实，需配授粉株 无籽西瓜的雌花、雄花的雌雄配子减数分裂不能正常进行，雄花的花粉没有生活力，授粉后起不到刺激雌花子房发育膨大的作用，同时由于三倍体无籽西瓜植株的生长势比普通西瓜旺，因此坐果较为困难。

　　(4)有明显的杂交优势 无籽西瓜既是四倍体与二倍体西瓜的杂交一代，同时又是多倍体植株，器官形态上明显比普通二倍体西瓜大而壮。因此，三倍体无籽西瓜植株在田间表现为生长旺盛，抗性较强，对肥水的需求重大。

　　(5)要求较高的环境温度 无籽西瓜种子发芽的适温范围为33到35度，上限为42度，下限为28度。比一般西瓜要高，其他植株生长和果实发育也均需较高的环境温度。