由于柑橘衰退病在田间主要通过蚜虫传播，光靠种植无病毒苗木难以控制，虽然控制田间蚜虫数量可一定程度延缓其为害，但最有效的防治方法是应用弱毒系交叉保护技术。田间防治蚜虫的主要药剂有50%抗蚜威2000～3000倍液、20%中西杀灭菊酯或20%灭扫利3000～4000倍液、40%水胺硫磷1000～1500倍液等。巴西的佩拉甜橙、澳大利亚和南非的葡萄柚等品种通过应用弱毒系交叉保护技术，取得了良好的防效。我国尚处于研究试验阶段，已获得了部分有保护效果的弱毒株，正在重庆等地开展田间区域试验。