虽然近几年来我国农业发展迅速，肥料使用量也稳步提升，但我国肥料的施用还存在着不少的弊端。下面我们就来具体看一下：

　　目前我国肥料施用存在诸多问题，如肥料利用率低、施肥效益下降等。氮肥当季回收率30%-35%，低于发达国家20个百分点;每公斤养分所增产粮食不及世界1/2。同时，我国粮食进口数量较大，人均粮食消费超过国际水平，耕地污染严重，粮食安全隐患依然存在，提高产量压力不减。因此，施肥目标应为持续增产增收、土壤生产力提高、减少施肥对土壤和环境的不良影响。要想实现这些目标，关键是科学施肥，提高肥料利用效率。

　　我国是化肥生产和使用大国，据国家统计局数据，2013年化肥生产量7037万吨(折纯，下同)，农用化肥施用量5912万吨，化肥在使用的过程中存在一些问题：一是亩均施用量偏高。我国农作物亩均化肥用量21.9公斤，远高于世界每亩8公斤的平均水平，是美国的2.6倍、欧盟的2.5倍。二是施肥不均衡现象突出。东部经济发达地区、长江下游地区和城市郊区施肥量偏高，蔬菜、果树等附加值较高的经济园艺作物过量施肥比较普遍。三是有机肥资源利用率低。目前，我国有机肥资源总养分约7000多万吨，实际利用不足40%，其中，畜禽粪便养分还田率为50%左右，农作物秸秆养分还田率为35%左右。四是施肥结构不平衡。重化肥、轻有机肥，重大量元素肥料、轻中微量元素肥料，重氮肥、轻磷钾肥“三重三轻”问题突出，传统人工施肥方式仍然占主导地位，化肥撒施、表施现象比较普遍，机械施肥仅占主要农作物种植面积的30%左右。

　　目前，肥料利用率低问题也比较凸显，三大粮食作物氮肥、磷肥和钾肥利用率33%、24%和42%。从2015年起，主要农作物肥料利用率平均每年提升1个百分点以上，力争到2020年，主要农作物肥料利用率达到40%以上。