菌核病为板蓝根的主要病害之一，发病严重时，植株大批死亡。为害根、茎、叶和荚，以茎部受害最重。发病初期，基部叶片首先发病。病斑初呈水渍状，后为青褐色，最后叶片腐烂，仅剩叶脉。在多雨高湿时，受害茎秆内布满白色菌丝，皮层软腐，茎秆碎裂成乱麻状。茎中空，生有黑色鼠粪状菌核。在茎秆表面或叶上可见菌核。茎叶受害后，枝叶萎蔫，逐渐枯死。

　　板蓝根菌核病防治措施：

　　①轮作，但避免与十字花科作物轮作。

　　②加强田间管理，雨后及时疏沟排水，少施氮肥，增施磷、钾肥，提高植株抗病力。

　　③发病初期喷洒65%代森锌400-600倍液，每亩用75-100公斤，隔7天喷1次，连喷2-3次。发病期也可选用50%多菌灵800倍液、70%甲基托布津1000倍液、50%腐霉利2000倍液、多硼合剂500倍液(25%多菌灵2份加1份硼砂)，或50%速克灵可湿性粉剂600倍液喷雾，或40%菌核净可湿性粉剂800倍液喷雾，或25%施保克乳油800倍液喷雾。以上药剂可任选一种轮换使用，每隔5-7天喷1次，连喷2-3次。