1、水分：水是植物的命，种子发芽是从吸收水分开始，种子吸水量达到其本身重量的22%以上，酶就开始活动，促进淀粉和蛋白质分解，生命活动便开始了。吸水量达到种子重量的25%便开始发芽。在水温为13-15℃时，浸种3-4天就可发芽。

　　种子浸在水里先发芽后长根，在土壤湿润条件下，先生根后长芽。因此，播种后长期深灌就会芽长根短，产生浮根、倒芽、烂秧现象。如果采取通气秧田、湿润灌溉，秧苗扎根扶针快，根系发达、根深芽短粗状、抗寒力提高，烂秧少一些。

　　秧苗出现第三片真叶后，需要的水分增加，秧苗的通气组织逐渐形成，田里淹水不会妨碍根系的呼吸。所以，经常浇水盖泥一方面有利于根系吸收养料增强光合作用，同时又可减少泥内的热量散失，有防寒保温作用。

　　2、热量(温度)：水稻是一种喜温作物，种子破胸发芽时需要较高温度，最低为10-12℃，最适宜为25-30℃，在一定范围内温度越高发芽的速度愈快。但是，最高温度不能超过40℃，高温时间过久，呼吸作用过强，会产生酒精中毒，抑制种子发芽，造成烧苞现象(采用水温50-54℃浸种时间不超过10分钟)。

　　秧苗扎根扶针的适宜温度为17-18℃，温度15℃以上可正常生长，10℃以下则不能出苗。早稻播种至出苗的经历日数与温度成正比。日平均气温 10-12℃时，播种至出苗需要6-13天;12.1-15℃时需要6天;15.1-19℃时需4-7天;19.1-23℃时仅需2-4天。水稻三叶后，抗寒力最弱，最适宜温度为20-25℃，最低生长温度为11-12℃。在长期低温阴雨条件下的秧苗，呼吸作用长期处于最低点，根芽几乎停止生长，光合作用也极微弱，而胚乳中的养料已基本消耗殆尽，抗寒力很弱，根系幼小，还不能从土壤中吸收充足的养分来补充，因而新陈代谢失调，秧苗饿死，产生烂秧死苗。

　　3、氧气：种子破胸后，随着芽的伸长，需氧量逐渐增多，缺氧就会引起酒精发酵，造成种子中毒死亡。一般水中的含氧量为0.2-0.3%，空气中的含氧量为 20.8%，氧气充足时(5%以上)，芽生长缓慢，根生长快，先扎根、后长芽。随后第一片针叶迅速伸长，突破芽鞘，氧气不足时(2%以下)，芽迅速伸长，叶与根生长很慢，甚至只长幼芽，而幼根停止生长。

　　水稻幼苗的生长一般有两种方式，即细胞分裂和细胞伸长。细胞分裂是一个细胞分裂为二个，蛋白质成倍增加，需要大量充足的氧气，通过有氧呼吸提供养料与能源;细胞伸长是个体细胞体积的扩大，蛋白质增加不多，在缺氧方式下也能进行。胚芽鞘是既成器官，其生长方式主要靠细胞伸长方式进行。而幼芽和幼根是新生器官，主要靠细胞分裂的方式进行。

　　灌水使土壤形成缺氧环境，抑制了根芽的生长，芽鞘却迅速生长，产生翘脚倒苗现象。在寒潮阴雨低温天气过后的晴暖天气，气温回升，又使秧苗无氧呼吸迅速加强。土壤中嫌气性微生物亦迅速繁殖，产生硫化氢(H2S)等还原物质和绵腐病蔓延，造成大面积烂秧。

　　4、光照：芽鞘具有强烈的趋光性，种芽下泥后，若淹水，阳光被遮蔽，芽迅速伸长，冲出水面，争取阳光，灌水越深，芽鞘伸得越长，根生长越慢，造成芽长根短而倒苗的现象。

　　秧苗长出真叶后，需要充足的阳光进行光合作用，浅灌盖泥水，水面可折射阳光，增加光合作用的面积，比不灌水的秧苗叶色要青一些，生长快一些。光还有抑制徒长，使秧苗健壮的作用。所以，不能播种过密，以妨碍秧苗对光的接触，过于拥挤而形成纤细丝线秧。

　　光波的长短对秧苗也有影响，如315微米的光波(紫外线)对所有的植物都有害，280微米的光波可使植物枯死;而400-500微米光波(兰色)可活跃植物叶绿体的运动，有利于植物生长;600-700微米的光波(红色)可增强叶绿素吸收光合作用的能力，也有利于植物生长;500-600微米的光波(绿色)可使光合作用下降，生长减弱。着色的兰色膜可大量透过400-500微米波长的光而吸收大量600微米波长的光，使秧苗生长矮壮，光合能力强，累积干物质多;红膜可透过大量600微米以上的光，大量吸收600微米以下的波长的光，可育成矮壮苗，尤以根系生长良好;绿色膜可透过500-600微米的光波。

　　5、营养：种子发芽到第一片真叶，主要靠胚乳供给营养，米粒还是硬的，胚部消耗很少。第二片真叶出现后，胚乳供给一半营养，从根部吸收和叶面光合作用制造养料约一半，米粒已软化。第三片真叶出现后，营养物质主要由根吸收和叶面光合作用制造，胚乳只有少量供应了。第四片真叶出现后，胚乳养分已全部消耗完毕，秧苗进入完全独立生活。所以在三叶期后，秧苗吸肥量显著增加，秧田缺速效肥，秧苗就发黄，抗寒力减弱，遇寒潮低温天气常引起死苗。第四叶时需要肥量更多。