大棚种植最让人头疼的就是病害，往往种植几年后，重茬、病虫害越来越严重导致经济效益急剧下降，现在针对这种问题，比较常用的方法就是土壤消毒。土壤消毒可以采用以下几种方法：

高温闷棚法

利用太阳的能量烤棚是一种很好的土壤消毒方法。夏季高温季节，将温室大棚密闭，在土壤表面撒上碎稻草（每667平方米用量700~1000千克） 和生石灰（每667平方米用量500千克），深翻土壤30厘米，使稻草、石灰、土壤均匀混合，然后起大垄灌大水。并保持水层，盖严棚膜，密闭大棚15~20天。石灰遇水放热，促使稻草腐烂也放热，再加上夏季天气炎热和大棚保温。

白天棚内地温可达55~60°C，25厘米深土层全天温度都在50°C左右，半月左右即可起到消毒土壤和除盐的作用。单独利用灌水闷棚或者生石灰闷棚也可以，但效果比这种方法差一些。

生物菌闷棚法

通过人工补充有益微生物菌群，抑制灭杀土壤有害病菌，达到以菌制菌的目的，注意！若使用杀菌剂，两者之间使用需间隔在一周以上。

1、棚室内有根结线虫的建议采用化学药剂如：威百亩（见威百亩使用手册）熏蒸土壤。

2、有秸秆还田条件的建议秸秆还田。

3.拔园后亩用963有机肥20袋（或大连东岩壳聚糖10瓶随水冲施）、中微量元素钙肥100千克，生物菌剂75千克-100千克，均匀撒施与土壤表层然后深翻土壤35cm。

4、铺设喷灌或调畦然后大水浇透。

5、密闭棚室（换膜）或上风口不关严（薄膜怕高温）7天-10天。

6、敞开上、下通风口凉24小时，浇小水（湿过地皮）后按第5条做法，重复2次-3次。

7、敞开风口晾晒至旋耕的标准旋耕地面，整理畦面准备定植。

福尔马林消毒法

土壤耕翻后，每平方米土地用50毫升福尔马林，兑水10~12千克，或每平方米喷酒100倍的福尔马林液0.15千克，然后用塑料薄膜盖严。7~10天后揭膜，并翻土1~2次，使药液挥发，3~5天即可栽培作物。

药土消毒法

每平方米用50%多菌灵可湿性粉剂2克，或50%甲基托布津可湿性粉剂8克、或40%五氯硝基苯8克，兑水2~3千克，掺细土5~6千克，播种时做下垫土和上盖土，可有效防治多种真菌性病害 。

喷淋或浇灌法

将96%恶霉灵3000倍药液用喷雾器喷淋于土壤表层，或直接灌溉到土壤中，使药液渗入土壤深层，杀死土中病菌，防治苗期病害，效果显著。

蒸汽热消毒

用蒸汽锅炉加热，通过导管把蒸汽热能送到土壤中，使土壤温度升高，杀死病原菌，以达到防治土传病害的目的。这种消毒方法要求设备比较复杂，只适合经济价值较高的作物，并在苗床上小面积施用。

硫酸亚铁消毒法

用3%硫酸亚铁溶液处理土壤，每平方米用药液0.5公斤，不仅能治桃、梅缩叶病。同时，还能兼治缺铁花卉的黄化病。

氯硝基苯消毒法

每平方地用75%氯硝基苯4克、代森锌5克，两药混合后，再与12公斤细土拌匀。播种时下垫上盖。此法对防治土壤传播的炭疽病、立枯病、猝倒病、菌核病有特效。

波尔多液消毒法

每平方米苗圃地用等量式（即：硫酸铜、石灰、水的比例为1：1：100）波尔多液2.5公斤，加赛力散10克喷洒土壤。对防治黑斑病、斑点病、灰霉病、锈病、褐斑病、炭疽病等效果较明显。

多菌灵消毒法

多菌灵能防治多种真菌病害，对子囊菌和半知菌引起的病害效果很明显。土壤消毒用50%可湿性粉剂，每平方米施用1.5克，可防治根腐病、茎腐病、叶枯病、灰斑病等，也可按1：20的比例配制成毒土撒在苗床上，能有效地防治苗期病害。

代森铵消毒法

代森铵为有机硫杀菌剂，杀菌力强，能渗入植物体内，经植物体内分解后还有一定肥效。用50%水溶代森铵350倍液，每平方米苗圃土壤浇灌3公斤稀释液，可防治黑斑病、霜霉病、白粉病、立枯病。