症状：花腐病在叶、花、幼果及嫩枝上都可发生，但以危害花、幼果为主。花腐症状有两种：一是当花蕾刚出现时，就可染病腐烂，病花呈黄褐色枯萎；二是由叶腐蔓延引起，使花丛基部及花梗腐烂，花朵枯萎。果腐是病菌从柱头侵入，通过花粉管而到达子房，而后穿透子房壁而达果面。幼果豆粒大时果面发生褐色病斑，病斑处溢出褐色粘液，并有发酵的气味，很快全果腐烂，失水后变为僵果，仍长在花丛或果台上。叶腐在展叶期发病较多，发病初期叶尖、叶缘或中脉两侧产生红褐色小斑点，逐渐扩大呈放射状。病斑沿叶脉向叶柄发展，使叶片枯萎，空气潮湿时于病部产生灰白色霉状物（病菌的分生孢子梗和分生孢子）。枝腐是由病叶、病花、病果继续向下蔓延到新梢，在新梢上产生褐色溃疡病斑，绕枝一周，使病斑上部枝条枯死。
病原：苹果花腐病菌属于子囊菌亚门真菌，为苹果链核盘菌。
发病规律：苹果花腐病菌在病枝，病叶和落地的小僵果内越冬。翌春在苹果展叶至开花期，病菌在落地僵果上形成子囊盘及子囊孢子。子囊孢子随风雨传播，侵入幼叶，引致叶腐，继而引致花腐。在病叶和病花上产生的分生孢子从花的柱头侵入，引致果腐。由叶腐，花腐，果腐向下蔓延引致枝腐。苹果展叶期低温多雨易引起花腐和叶腐的大发生；幼果期低温，果腐发生较多。山地果园和通风不良的果园发病严重；其他如管理粗放、树下杂草丛生、地表病残体处理不彻底等均会加重病害发生。在苹果品种中，以鸡冠、金冠较为感病，元帅、红星等较抗病；小苹果多数较感病，山定子发病早且重。单一品种成片栽植的比混栽的发病重。
防治措施：(1)搞好清园卫生：果实采收后立即清扫果园，将病果、病叶、病枝及僵果彻底清扫干净，集中烧毁；同时施行果园秋后翻耕，掩埋病残体，促使其腐烂分解，从而减少越冬菌源。春季，在子囊盘发生期进行地面喷药（可用3~5波美度石硫合剂）也可铲除越冬菌源 。冬季，结合修剪去除病枝。发病初期，及时摘除树上病叶、病果等，也可减轻该病的为害。
(2)加强栽培管理：合理整形修剪，使树冠内通风透光良好；增施有机肥料，增强树势，提高抗病力。新建果园要重视品种的合理搭配，避免单一品种的大面积栽培。
(3)人工辅助授粉：花期进行人工辅助授粉可预防果腐。
(4)药剂防治： 从果树萌芽到开花期（萌芽期、初花期、盛花期）连续喷药2～3次，如这段时间高温干燥，喷2次药即可，第一次在萌芽期，第二次在初花期，如花期低温潮湿，果树物候期延长，可于盛花末期增加1次喷药。萌芽前常喷3~5波美度石硫合剂。后2次喷药常用以下药剂：0.5波美度石硫合剂、45%晶体石硫合剂300倍液、70%代森锰锌可湿性粉剂800倍液、50%退菌特可湿性粉剂800倍液、64%杀毒矾500倍液和70%甲基托布津可湿性粉剂1200倍液等。
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