微生物肥料具有提供或活化养分功能、产生促进作物生长活性物质能力、促进有机物料腐熟功能、改善农产品品质功能、增强作物抗逆性功能、改善和修复土壤功能等方面功效，在生态保护、农业废弃物资源利用、提高肥料利用率和作物产量质量有其独特优势，成为国家农业绿色可持续发展的不可获取的投入品，也是实现农业生产化肥减量增效和绿色提质增效的重要物质基础。

    我国微生物肥料产业已跨入科技创新最为迫切的时期，选育新功能菌种、研发新产品、拓展新功能是未来产业发展目标。确立以微生物肥料产业发展目标和国家需求为导向，以源头创新与重点新产品创制为核心内容，以重点龙头企业为创新主体、产学研相结合交融为平台的科技创新发展思路。在技术产品的研发上，应集中力量突破微生物和生物功能物质筛选与评价、高密度高含量发酵与智能控制、新材料配套增效应用、功能菌与微生态因子互作机制及其调控、障碍因子生物修复等关键技术，研发应用高效稳定的绿色新产品。预计到2020年，年总产量比现在翻一番，可望达到3000万吨，产业发展前景广阔。

    与国外微生物肥料产业相比，我国微生物肥料产业有几大特点：一是产品种类多，与其他国家相比，我国的微生物肥料使用菌种多，菌种产品种类多，尤其是在研制开发微生物与有机营养物质、微生物与无机营养物质的复合而成的新产品方面，处于一个领先的地位。二是应用面积广，每年应用面积累计2亿亩，几乎在所有作物上都有应用，在提高化肥利用率、降低化肥使用量和减少化肥过量使用导致环境污染方面，已取得了较好的效果，研制开发具有广阔前景。三是生产规模大，目前我国已形成较大生产规模，产能1500万吨以上。四是技术创新急待提高，新的功能菌种、科学合理的工艺、产品质量的提高、生产成本的降低、应用效果的稳定等问题，仍是我国微生物肥料产业面临并且是急需解决的课题。

    微生物肥料产业快速稳定发展，近几年，发展速度达每年10%以上，主要得益于三点：一是国家对微生物肥料产业发展的政策和资金支持；二是微生物肥料在农业中显现出的独特功效；三是微生物肥料登记管理的规范与引导作用。